Nei secoli seguenti, fra carestie e terremoti, Matera fu a lungo città Regia, in quanto si liberava dal dominio feudale riscattandosi più volte, ma sotto gli Aragonesi la città fu ceduta al Conte Giovan Carlo Tramontano, che nel 1514 venne ucciso dalla popolazione oppressa dalle tasse. Nel 1663, in epoca spagnola, Matera uscì dalla provincia di Terra d’Otranto, di cui fino ad allora era parte integrante, diventando capoluogo della Basilicata. Nel 1927 la città divenne capoluogo di provincia. Nel 1948 nacque la questione dei Sassi di Matera, sollevata da Palmiro Togliatti prima, e da Alcide De Gasperi dopo.